经过保存点后坐电梯，来到一个比较宽敞的房间中会遇到大批的怪物，干掉它们。

　　然后去房间的左边破解机关打开边上的防护门。

　　进入防护门后，对面的敌人在主角靠近时会进行射击，迅速逃入右边的厕所进行躲避。

　　随后在房间中行进，通过通风管道，找到防护门的电源，拔出它后外面的怪物就会冲进来干掉研究所内敌人。

　　返回到刚才守卫把守的地方，杀掉冲进来的怪物。前面有一道检测门，需要把守卫的尸体扔过去来通过检测。

　　继续前进干掉办公间内的大量怪物。

　　在前面会有一扇需要装备升级道具才能打开的门，里面有一些金钱和弹药。接着往前走，会遇到一只怪物，杀死它后要注意其分裂出来的蜘蛛怪。

　　往前走，前面的房间地面上有类似星际里面的虫苔，在其上面的而不能跑动。在这个房间里面会有很多冲撞怪，小心不要让它们绕到背后了。及时减它们的速度也是必须的。

　　随后在房间里面取得完好的电源来取代废旧电源。

　　打开门后开来到一个有旋转光束机关的房间，掌握好时机冲入空隙，然后随着机关转动的方向跑动，旁边会有几个房间用来暂时躲避机关，不过也会有怪物出现。

　　到达前面的房间做升降梯上去，解除机关。

　　然后把上方的连接桥拉下来，注意就可以走过去了。

　　过去后在一个泛红光的房间内再次面对很多的怪物。

　　收拾掉它们后，继续前行。在一个大房间中需要击败一只大型怪物。瞄准其头部附近的黄色位置猛烈射击。注意射击的时候躲避好怪物的冲撞。

　　杀掉这只怪物后破解机关，坐电梯来到研究室的核心部分。看到了那个巨大的神石。

　　启动前面房间内的仪器，然后钻进去，准备开始做手术。

　　这个手术是要把针刺入Isaac的眼睛。移动鼠标来控制针的位置，按住鼠标左键来使其下降。注意不要太急，要下降一段距离后暂停一下，等待Isaac的呼吸平缓一点，再下降手术针。还有要使光束变为蓝色才是对准了眼睛。

　　成功把针刺入Isaac的右眼。第十三章结束。

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